Положением о Водлозерском национальном парке определена еще одна из основных задач деятельности парка. Это создание условий для регулируемого туризма и отдыха. 

 В сфере организации туризма и обслуживания посетителей Парк обеспечивает благоустройство рекреационных зон и туристских маршрутов, развитие сферы платных услуг и информационное обслуживание посетителей.

   Ресурсами экологического туризма в национальном парке «Водлозерский» являются природно-климатические факторы: рельеф, водные объекты, флора и фауна, уникальные и просто интересные природные участки; историко-культурные достопримечательности, которые находятся в непосредственной связи с природной средой. 

 В национальном парке в разной мере получили развитие различные виды экологического туризма: путешествия по рекам и озерам, природным и экологическим тропам, специализированные научные и образовательные программы, путешествия по зимней тайге. Пешеходные маршруты проложены по дикой тайге и предполагают хорошую физическую подготовку.

  Рыбаков в Парке ждут богатые уловы щуки и леща, сига и судака, окуня и налима. Водлозерский парк всё больше привлекает любителей дикой природы и нестандартного туризма. Наблюдается динамика роста организованных посещений Национального парка. 

  Ежегодно территорию Онежского филиала посещают в среднем 500 человек. Это составляет примерно одну треть от общего числа посетителей всего парка. 

  Если говорить о географии посетителей, то она достаточно обширна. Кроме жителей Архангельской области и республики Карелия, на территорию национального парка приезжают туристы из всех уголков России. Из иностранных туристов, в последние несколько лет, постоянными стали группы из Чехии, Украины и Белоруссии.

   Категории посетителей: жители близлежащих к территории ОФ поселков Валдай, Куша, Малошуйка, Унежма и г. Онега, Самодеятельные туристы, организованные туристы, участники детских экологических программ

Большую часть от общего количества посетителей составляют туристы – водники. Это группы, которые самостоятельно организуются и самостоятельно выбирают маршрут. 

   Самый распространенный маршрут проходит по реке Илекса протяженностью около 180 километров, он начинается в северной части парка (В Онежском районе) и заканчивается уже в Карелии, в районе Водлозера.. Этот маршрут может варьироваться в зависимости от выбора заброски к началу сплава и выброски. При наличии свободного времени и хорошей погоды теоретически путешествие может быть растянуто на несколько недель. 

   В целом маршрут сравнительно легко проходим для туристов-водников. На 180 км пути примерно одна пятая часть приходится на пороги и перекаты, а одна десятая на озера. Из 13 порогов наиболее серьезное препятствие представляют только два. Остальное - это спокойные воды с медленным течением. Уникальность этого маршрута связана с тем, что он подходит как для новичков, так и для «бывалых» туристов.

Для этой категории туристов Онежский филиал организует транспортную доставку к началу водных путей. 

   Для организованных групп Онежский филиал предлагает пакет услуг, включающий сопровождение на 

маршруте, транспортное обеспечение (моторные лодки, снегоходы, а/м ГАЗ-66, УАЗ), обслуживание на кордонах (размещение, баня). 

   Пропуском в парк является карточка посетителя, она дает право на пребывание в парке, пользование рекреационной инфраструктурой, рыбную ловлю, сбор грибов и ягод. 

   Все посетители, проходящие по маршрутам Парка, могут останавливаться только на подготовленных туристических стоянках, которых только на территории Онежского филиала более 90 шт.

   Инспекторская служба ведет постоянную работу по благоустройству территории для улучшения условий пребывания посетителей в парке. Это и расчистка пешеходных троп, и постройка новых и ремонт старых туристических стоянок, заготовка дров, и установка информационных знаков и щитов. На территории ОФ расположено 7 кордонов. На оз. Нюхчозеро и на оз. Калгачинском оборудованы две летние туристские базы, где имеются летние кухни, бани, костровища, туалеты, мусорные ямы.

   Безопасность посетителей обеспечивает наличие транспортных средств (моторные лодки, снегоходы) и радиосвязь на каждом кордоне.

  Экологический туризм в Водлозерском парке: обращён к природе и основан на использовании преимущественно природных ресурсов; допускает минимальный ущерб, который не подрывает экологическую устойчивость среды; нацелен на экологическое образование и просвещение, на формирование отношений равноправного партнёрства с природой.